تشكلت الكلية باسم مدرسة الحرب الكيميائية بموجب التعميم رقم/5013/98/2 تاريخ 19/8/1971م في معسكرات سيف الدولة الحمداني في حلب، وقد كلف بتشكيلها المقدم الركن زهير بن محمد عيد سكر، وكانت المدرسة جناحاً في مدرسة الإدارة والكيمياء والتسليح.
انتقلت المدرسة من معسكر سيف الدولة الحمداني بحلب إلى معسكر اسكندر ديب باللاذقية بتاريخ 10/7/1975م. ثم انتقلت إلى معسكر الشهيد محمد نصر في حمص بتاريخ 15/8/1985م.
وبتاريخ 19/8/1978 أصبح اسمها كلية الحرب الكيميائية، ثم كلية الوقاية الكيميائية في 5/10/2013 .
تقوم كلية الوقاية الكيميائية بتأهيل الدورات وحسب المستوى للضباط، والطلاب الضباطـ، وصف الضباط المتطوعين والمجندين. وترفد القوات المسلحة بضباط وصف ضباط وأفراد مؤهلين عقائدياً وعسكرياً مزودين بالمعارف والعلوم العسكرية الحديثة وبروح الانضباط الطوعي وحب الوطن والقائد.